Les prébiotiques sont des aliments riches en fibres qui ne sont pas hydrolysés par les enzymes de l'estomac. En effet, ce sont les bactéries de la flore intestinale qui s'en chargent, par conséquent les prébiotiques ont un effet positif sur le développement de ces dernières. Les aliments prébiotiques sont riches en inuline, une fibre végétale que seules les bactéries peuvent digérer. C'est le cas de l'artichaut et de l'asperge, par exemple. D'autres composés sont considérés comme prébiotiques comme la cellulose, les fructo-oligosaccharides présents dans les fruits comme la banane, les galacto-oligosaccharides présents dans les légumes secs et le lactulose, présent dans le lait maternel.
Si ces aliments sont sains, un quelconque effet positif sur la santé ou l'immunité n'ont pas été clairement démontrés. Ils ne doivent pas être consommés dans l'espoir de soigner un trouble digestif.
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